В процессе работы MySQL время от времени создает временные таблицы, место хранения которых задается переменной tmpdir. Если таких файликов создается много (не хватает памяти или еще куча причин), то начинается активный i/o, что создает нагрузку на систему.
Один из способов избежать данной проблемы – смонтировать папку временных файлов на RAM-диск, в данном случае tmpfs.
Читать далее “Ускоряем MySQL при помощи tmpfs”