Для этого нужно использовать команду mkdir

$ mkdir mydir

Таким образом мы создали директорию (да, именно так правильно их называть в линукс, а не “папку”! 🙂 там, где мы сейчас находимся. А узнать наше текущее положение можно с помощью команды pwd:

$ pwd
/home/user/

Мы находимся в директории /home/user/. Так мы создали директорию /home/user/mydir. Проверим с помощью ls (листинг):

$ ls -la
total 304252
drwxr-xr-x 45 user user 4096 дек 22 19:29 .
drwxr-xr-x 3 root root 4096 сен 12 06:31 ..
drwxr-xr-x 2 user user 4096 ноя 23 20:57 1
drwxrwxr-x 4 user user 4096 окт 19 18:22 file1
-rwxr-xr-x 1 root root 229 ноя 5 21:51 script1.sh
-rw------- 1 root root 15076 дек 18 13:04 .bash_history
-rw-r--r-- 1 user user 220 сен 1 21:00 .bash_logout
-rw-r--r-- 1 user user 3771 сен 1 21:00 .bashrc
drwxr-xr-x 2 user user 4096 сен 1 21:06 mydir
...

Видим, что директория присутствует.