Просто. Командой rmdir (remove directory):

$ rmdir yourdir

Но если директория не пустая, то увидим предупреждение:

rmdir: failed to remove 'yourdir/': Directory not empty

Чтобы удалить не пустую директорию в Linux делаем так:

$ rm -rf youdir

r – recursive (рекрсивно)
f – force (принудительно)