Такое бывает, если порты специфические…Дело в том, что nmap сканирует по-умолчанию только “интересные” порты, которые указаны разработчиками. Чтобы просканировать полный перечень портов, необходимо указать весь диапазон:

# nmap -p 1-65535 IP_ADDRESS