В настройках транка (switchport mode trunk) можно указать, какие VLAN’ы на нем запрещены/разрешены.

Например, чтобы разрешить только заданные сети:

(config-if)# switchport trunk allowed vlan 2,999

Чтобы запретить:

(config-if)# switchport trunk pruning vlan 5